Naturalne, spontaniczne procesy przyrodnicze
Odnosi się to zwłaszcza do kilku antropogenicznych, półnaturalnych zbiorowisk, których trwanie jest związane z określonym sposobem użytkowania terenu. W związku z jego zanikiem lub całkowitym porzuceniem (ekstensywne rolnictwo) następuje inicjacja procesów sukcesji wtórnej, która prowadzi do przekształcania się płatów roślinności, w kierunku mniej cennych zbiorowisk szuwarowych lub zaroślowych, a często leśnych. Zagrożenie to szczególnie dotyczy zbiorowisk w północnej części wstecznej delty Świny – zaniechanie użytkownia kośno-pastwiskowego prowadzi do ekspansji trzciny i ustępowania – zwłaszcza zbiorowisk halofilnych i wilgotnych łąk. Dodatkowo w obrębie Drożkowych Łąk, w przeszłości zmeliorowanych, obserwuje się nasiloną ekspansję olszy wypierającej zarośla woskownicy, szuwary kłociowe i półhalofilne ziołorośla z arcydzięglem likworem. Podobne zagrożenia dotyczą również ciepłolubnych muraw w Dolinie Trzciągowskiej oraz świeżych i wilgotnych łąk.
Działalność industrializacyjna człowieka
Istniejące systemy odwadniające na obszarach podmokłych – dotyczy to głównie torfowiska w okolicy Wisełki, w przeszłości osuszanego rowem otwartym, Drożkowych Łąk, przez które przechodzą rowy odwadniające aktualnie tereny leśne Nadleśnictwa Międzyzdroje, stare systemy melioracyjne na Wydrzej Kępie i Koprzywskich Łęgach (zaniechanie konserwacji systemu wraz z porzuceniem użytkowania pastwiskowego przyspiesza tutaj ekspansję trzciny). Niemniej ważnym jest drenaż wód podziemnych przez polder w Darzowicach, istotnie i negatywnie wpływający na stan wód podziemnych w części dyluwialnej wyspy Wolin.
Zabudowa w sąsiedztwie granic Wolińskiego Parku Narodowego
Tereny zabudowane graniczą z ekosystemami nieleśnymi jedynie w kilku miejscach (w tym głównie przy terenach ugorowanych byłych użytków rolnych), przez co nie mają większego, bezpośredniego negatywnego wpływu na obszary cenne. Zabudowa ta sprzyja jednak niekontrolowanej penetracji przez ludzi terenów Parku, zanieczyszczaniu odpadami oraz wnikaniu synantropijnych elementów flory.