Wody obok lasów to dominujące ekosystemy Wolińskiego Parku Narodowego. Obejmują one zarówno wody morskie, jak i wody śródlądowe. Ogólna powierzchnia ekosystemów wodnych wynosi ponad 4670 ha co stanowi 43% całej powierzchni WPN.
Wody morskie w granicach parku to pas Zatoki Pomorskiej o powierzchni 2713,5 ha rozciągający się wzdłuż wybrzeża klifowego od Międzyzdrojów w kierunku wschodnim o długości 17 km i szerokości 1 mili morskiej (1852 m) i oraz wewnętrzne wody morskie o powierzani 1793,1 ha obejmujące część Zalewu Szczecińskiego w tym kompleks licznych cieśnin wraz z Starą Świną, i jeziorami Wicko Wielkie oraz Wicko Małe.
Wody śródlądowe to 4 jeziora Pojezierza Wolińskiego znajdujące się w wschodniej część Parku. Z największym z nich jeziorem Czajczym o powierzchni prawie 77 ha. Pozostałe to jeziora Domysłowskie, Rabiąż i Warnowskie. Wody śródlądowe to także pokopalniane sztuczne zbiorniki jezioro Turkusowe, Gardno i Stara Kredownia. Ogólna powierzchnia wód śródlądowych to 162,46 ha.
